No caso da fauna, o PAT aponta em SC o risco maior para a coruja murucututu e a rãzinha-das-pedras como ameaçadas. A coruja se enquadra na categorias DD (dados insuficientes) do plano em terras catarinenses. Já a rãzinha é considerada CR (criticamente em perigo).

Pelo pacto entre catarinenses e gaúchos, estão previstas ações em cinco anos para proteção e recuperação das espécies, mitigação de riscos das espécies exóticas invasoras, redução da conversão de áreas nativas e suas alterações física e biológicas, ampliação e difusão de conhecimento sobre as espécies e fortalecimento as cadeias produtivas sustentáveis. O plano completo está disponível no site do governo de SC.